Vergi Usul Kanunu’nun 140/6’ncı maddesi uyarınca “vergi müfettişleri ile vergi müfettiş yardımcıları” tarafından düzenlenen vergi inceleme raporları işleme konulmak üzere ilgili vergi dairesine tevdi edilmeden önce meslekte 10 yılını tamamlamış en az üç vergi müfettişinden oluşturulacak “Rapor Değerlendirme Komisyonları” tarafından vergi kanunları ile bunlara ilişkin kararname, tüzük, yönetmelik, genel tebliğ, sirküler ve özelgelere uygunluğu yönünden değerlendirilmektedir.
Bu bağlamda incelemeyi yapanla komisyon arasında uyuşmazlık oluşması halinde, uyuşmazlığa konu vergi inceleme raporları üst değerlendirme mecii (makamı) olarak Maliye Bakanlığınca belirlenen tutarları aşan tarhiyat önerisi içeren vergi inceleme raporları ise doğrudan Vergi Denetim Kurulu Başkanlığı bünyesinde bir başkan yardımcılığının başkanlığında dört grup başkanlığından oluşan 5 kişilik “Merkezi Rapor Değerlendirme Komisyonu” tarafından vergi kanunları ile bunlara ilişkin kararname, tüzük, yönetmelik, genel tebliğ, sirküler ve özelgelere uygunluğu yönünden değerlendirilmektedir. İncelemeyi yapanlar bu komisyon tarafından yapılacak değerlendirmeye uygun olarak düzenleyecekleri vergi inceleme raporlarını işleme konulmak üzere bağlı oldukları birime tevdi etmekle yükümlüdürler.
Rapor Değerlendirme Komisyonlarının Oluşturulması İle İlgili Çalışma Usul ve Esasları Hakkındaki Yönetmelik’in 4. maddesinde öngörüldüğü üzere “Vergi müfettişlerinin dahil oldukları grup başkanlıklarında oluşturulan Rapor Değerlendirme Komisyonları Vergi Denetim Kurulu Başkanlığınca ilgili Grup Başkanlığı’na dahil olan meslekte 10 yılını tamamlamış vergi müfettişleri arasından görevlendirilecek en az üç asil ve yeterli sayıda yedek üyeden oluşmaktadır.
Aynı yönetmeliğin 5. maddesinde belirlendiği üzere vergi incelemesi yapmaya yetkili kılınan diğer memurlarca düzenlenen rapor için Rapor Değerlendirme Komisyonları vergi dairesi başkanı ve/veya vergi dairesi başkanı tarafından belirlenecek grup müdürü’nün başkanlığında, müdürler ve/veya vergi dairesi müdürleri arasından vergi dairesi başkanı tarafından seçilecek en az iki asil ve yeterli sayıda yedek üyeden oluşmaktadır.
Vergi müfettişleri tarafından düzenlenen raporlarla ilgili olarak vergi müfettişleri ile Rapor Değerlendirme Komisyonları arasında uyuşmazlığın doğması halinde Vergi Denetim Kurulu Başkanlığı bünyesinde Gelir İdaresi Başkanlığı tarafından belirlenen bir başkan yardımcısının başkanlığında dört grup başkanından oluşan toplam beş üyeden oluşan komisyon durumu incelemek ve değerlendirmekle görevlendirilirler. Ancak vergi müfettişleri ile ilgili rapor değerlendirme komisyonları arasında uyuşmazlığa konu raporların bir üst değerlendirme mercii olarak ‘Merkezi Rapor Değerlendirme Komisyonu’nda yapılan görüşmelere raporu düzenleyen vergi müfettişi ile vergi müfettişinin raporunu görüşen ve bu görüşmede görüş ayrılığı bulunan Rapor Değerlendirme Komisyonu üyeleri üye olarak üst komisyona katılamazlar.
Vergi inceleme raporları, Rapor Değerlendirme Komisyonları tarafından mevzuata uygun bulunması halinde karar tutanağı ile birlikte ilgili birime iletilir. Söz konusu birim raporları ilgili vergi dairesini gönderir.
Rapor Değerlendirme Komisyonları Oluşturulması İle Çalışma Usul ve Esasları Hakkındaki Yönetmelik’in 14. maddesi uyarınca konuya ilişkin kurulan ‘Komisyonlar’ gerekli gördükleri durumlarda ya da talepleri üzerine mükellefi veya inceleme elemanını dinleyebilir.
Mükelleflerin Rapor Değerlendirme Komisyonlarında dinlenebilmesi için bu istemlerinin öncelikle inceleme tutanaklarına geçirilmesi gerekmektedir.
Vergi Usul Kanunu’nun 141. maddesi gereği olarak “İnceleme esnasında lüzum görülen hallerde, vergilendirme ile ilgili olaylar ve hesap durumları ayrıca tutanaklar ile tespit ve tevsik olunabilir. İlgililerin itiraz ve mülahazaları (görüşü-değerlendirmesi) varsa bunlar da tutanağa geçirilir. Bu suretle düzenlenen tutanakların bir nüshasının mükellefe veya nezdinde inceleme yapılan kimseye bırakılması mecburidir.
Uygulamada inceleme aşamasında mükelleflerin konuya ilişkin görüş ve değerlendirmelerine tutanak aşamasında yer verilmediği görülmektedir.