Yapay zekâ, tümör dijital ikizlerini oluşturma süresini aylardan dakikalara indirdi

Barselona Süper Bilgisayar Merkezi (BSC-CNS) araştırmacıları, deneysel biyologların kod yazmadan dijital tümör modelleri oluşturmasına yönelik bir sistemgeliştirdi. npj Systems Biology and Applications dergisinde yayımlanan çalışmada, daha önce literatür taraması, yazılım eğitimi ve kodlama nedeniyle aylar süren model oluşturma sürecinin 10 dakikanın altına indirildiği bildirildi.

ARAÇLAR TEK ARAYÜZDE

Sistem, yapay zekâ ajanlarını NeKo, MaBoSS ve PhysiCell gibi biyolojik modelleme yazılımlarına Model Context Protocol (MCP) sunucuları aracılığıyla bağlıyor. Böylece deneysel biyologlar, karmaşık tümör ikizlerini yalnızca sohbet arayüzünde sorular sorarak kurabiliyor.

Projenin başyazarı Marco Ruscone, kullanım biçimini ChatGPT’nin kolaylığına benzetiyor. Araştırmacılar, yaklaşımın sağlık alanındaki Ar-Ge çalışmalarında harcanan zamanı ve maliyeti azaltabileceğini belirtiyor.

KARARLARIN OTOMASYONU

BSC Yaşam Bilimleri Bölümü Direktörü Alfonso Valencia’ya göre yapay zekâ ajanları, rutin görevlerin ötesinde, hücresel sistemlerin dijital ikizlerini üretirken gereken çok sayıda kararı içeren süreçleri de otomatikleştiriyor.

Valencia, bu yeteneğin biyoteknoloji alanında dönüştürücü bir potansiyel taşıdığını ifade ediyor.

SONUÇLARIN TUTARLILIĞI

Çalışma, olasılıksal dil modelleri kullanılırken bilimsel sonuçların tekrarlanabilirliği ve güvenilirliği sorununu da ele alıyor. Araştırmacılar, yapay zekâyla yinelemeli ve hedef odaklı biçimde çalışıldığında tutarlı sonuçlara ulaşıldığını bildiriyor.

Miguel Vázquez’in dikkat çektiği üzere farklı modellerin yanıtlarındaki küçük ayrılıklar, uygun sorgulama yöntemleri kullanıldığında temel bilimsel bulgularda ortaklaşmalarını engellemiyor.

AÇIK ERİŞİM

BSC’nin geliştirdiği MCP sunucuları, bilim ve biyoteknoloji topluluğunun açık erişimine sunuluyor. Amaç, karmaşık biyolojik modelleme araçlarını daha fazla araştırmacının kullanabilmesini sağlamak ve ilaç ile tedavi geliştirme süreçlerini hızlandırmak. Kanser ve diğer karmaşık hastalıkların hücresel mekanizmalarını incelemeye yönelik bu altyapının, ilaç şirketleriyle araştırma enstitülerinin klinik öncesi çalışmalarında veri işleme ve sermaye verimliliğine katkı sağlaması bekleniyor.

Açık kaynaklı, birlikte çalışabilen mimarinin kişiselleştirilmiş tıp ve dijital ikiz teknolojilerinin ticari ölçekte kullanımını da desteklemesi hedefleniyor.