Kanser, vücutta sessizce ilerleyerek yıllarca fark edilmeden kalabilir. Ancak bu sinsi sürecin erken safhalarda yakalanabilmesi, tedavi başarısını ve hasta yaşam süresini doğrudan etkiliyor. Bilim dünyası, kanserin erken teşhisinde devrim niteliğinde bir adım attı. Kan yoluyla moleküler düzeyde hastalık izlerini yakalayabilen yeni bir analiz yöntemi, bu alandaki umutları artırıyor. Araştırmacılar, kandaki hücresiz RNA parçalarını analiz edebilen ultra hassas bir yöntem geliştirdi: RARE-seq.
RARE-SEQ İLE DEVRİM
‘RARE-seq’ adı verilen bu yeni yöntem, hücresiz RNA'nın tespiti ve analizi için özel olarak optimize edildi. Çalışma kapsamında 369 kişiden alınan 437 plazma örneği incelendi. Katılımcılar; çeşitli kanser evrelerinde, kanser dışı rahatsızlıklara sahip veya sağlıklı bireylerden oluştu.
Araştırma ekibi, RNA toplama ve analiz sürecindeki her adımı en üst düzeyde hassasiyetle düzenledi. Özellikle düşük miktardaki RNA'nın verimli bir şekilde analiz edilmesi için örnek hazırlama ve kütüphane üretimi gibi süreçler optimize edildi.
HASSASİYET ARTIRILDI
RARE-seq’in temel özelliği, belirli genlerin hedeflenerek seçici olarak zenginleştirilmesini sağlaması. Bu amaçla, düşük miktarda bulunan 4.737 gen ve 50 referans geni içeren özel moleküler problar kullanıldı. Ayrıca trombosit kaynaklı parazit RNA ifadesi, geliştirilmiş bir hesaplama modeliyle ayıklandı.
BAŞARI ORANI YÜKSELDİ
RARE-seq yöntemi, küçük hücreli olmayan akciğer kanseri teşhisi konmuş 139 katılımcının 101’inde hastalığa dair ifade imzalarını başarıyla tespit etti. Bu oran, evreye göre artış gösterdi: Evre I’de yüzde 30, evre II’de yüzde 63, evre III’te yüzde 67 ve evre IV’te yüzde 83 oranında başarı sağlandı.
Yöntem, ctDNA analizleriyle gözden kaçan vakaların yüzde 34’ünde kanser tespit etmeyi başardı. Ayrıca bilinen gen mutasyonları da RNA dizilemesiyle tespit edildi.
GENİŞ UYGULAMA ALANI
RARE-seq sadece kanser tespitinde değil, hastalığın tedaviye verdiği tepkilerin izlenmesinde de etkin. Örneğin EGFR hedefli tedavi gören bir hastada, tedavi sonrası küçük hücre dönüşümüne dair RNA işaretçileri kayboldu.
Kanser dışı örneklerde ise mRNA aşılarının etkileri, COVID-19 sonrası transkript değişiklikleri ve sigara maruziyetiyle bağlantılı bulgular da gözlemlendi.
GELECEK VADEDEN YÖNTEM
RARE-seq, kanser teşhisinde duyarlılığı artırmakla kalmayıp, moleküler düzeyde detaylı analiz imkânı sunuyor. Bu yöntem, ileride geliştirilecek kan testleri için güçlü bir temel teşkil ediyor. Geniş çaplı kullanım için daha fazla klinik deneme ve referans veri seti gerekiyor.
